De gemeenten, het waterschap en de stadsregio hebben zich uitgesproken voor een programmatische aanpak van de kreken. Een goede projectorganisatie is hierbij randvoorwaardelijk. Onderscheid wordt gemaakt tussen het uitvoeringsprogramma  en de afzonderlijke projecten.

Het uitvoeringsprogramma is een verantwoordelijkheid van de stuurgroep (bestuurlijk). Deze stuurgroep neemt beslissingen op hoofdlijnen ten aanzien van de algehele voortgang en de wijze van realisering van de verschillende projecten. De stuurgroep wordt daarbij ondersteund door een kernteam (ambtelijk). Stuurgroep en kernteam bestaan uit vertegenwoordigers van stadsregio, waterschap en gemeenten. Een vertegenwoordiger van LTO-noord is aan beide groepen toegevoegd als belangenbehartiger van de agrarische sector op Voorne-Putten.

De afzonderlijke projecten kennen elk een bestuurlijke trekker, die verantwoordelijk is voor de voortgang en de kwaliteit van het betreffende project. Per project wordt een projectgroep in het leven geroepen, bestaande uit vertegenwoordigers van gemeenten, waterschap en stadsregio. In de ontwikkelvisie zijn voor iedere kreek de alliantiepartners genoemd. Voor alle projecten maakt de projectgroep met de relevante partners (zoals het recreatieschap, de projectontwikkelaars, agrariërs, het Zuid-Hollands Landschap, LTO-noord etc.) afspraken over samenwerking en financiering bij de uitvoering van het betreffende project.